1967年，阿拉法特参加了第三次中东战争。

第三次中东战争是以色列向埃及、叙利亚和约旦主动发动袭击的一场先发制人的战争，因战争于6月5日打响，所以又称“六·五战争”。

这场战争有深刻的国际背景和地区背景，究其原因是美苏在中东争夺，阿以矛盾不断深

化和激化。战前的种种迹象表明，以色列已做好充分准备，蓄意要发动这场战争。

1967年伊始，以色列在叙利亚边境加紧军事活动，两国不断发生军事冲突，陆军多次交火，军事磨擦不断升级。与此同时，以色列总理艾希科尔声称，以色列要在“自己选择的时间和地点，以自己选择的方式对叙利亚发动进攻，必要时以色列将占领大马士革”。4月，以色列出动海市蜃楼式飞机侵入叙利亚领空，叙利亚匆忙派战机迎战，六架米格-21型飞机被击落。这次空袭是“六·五战争”的序幕。

接着，以色列采取兵不厌诈的策略，进一步为发动进攻做准备。同年5月，以色列发出一则假情报称，它要在5月17日向叙利亚发动进攻。以色列故意称这是一则“绝密情报”，并故意让苏联情报部门截获这则情报。于是，苏联即刻将这则“情报”转告埃及和叙利亚。埃及、叙利亚先后宣布全国进入紧急状态。与此同时，埃及外交部通知各国驻埃及大使馆，如果以色列进攻叙利亚，埃及将进攻以色列。出人意料的是，以色列并未在5月向叙利亚发动进攻。但这并未驱散中东上空的战争阴影，阿以双方都在积极备战，战争犹如箭在弦上。然而令人费解的是，苏联驻埃及大使于6月4日深夜紧急约见纳赛尔总统，要他不要对以色列发动进攻。与此同时，美国建议埃及派代表商议解决这场危机。

1967年5月底，以军制定好了向埃及、约旦、叙利亚发动闪电战的具体作战方案。根据这一方案，以色列在埃及边境部署65000人，坦克650辆；在叙利亚边境部署25000兵力，坦克100辆；在约旦边境部署50000兵力，坦克350辆。

6月5日清晨，以色列发动突然袭击，以迅雷不及掩耳之势派出大批战机进行空袭，第三次中东战争爆发。

在这场战争中，以色列的首选袭击目标是埃及空军。从早晨7时45分到10时35分，以色列出动近200架飞机，分17批空袭，主要目标是开罗、苏伊士运河附近、西奈半岛的10多个要害军用机场及萨姆-2型导弹基地。埃及空军接到命令，准备出动340架飞机迎战，但在起飞前夕有300架飞机被炸毁。接着，以色列空军又对叙利亚、约旦、伊拉克和黎巴嫩的空军发动袭击，共击毁416架阿拉伯飞机，其中393架是在地面上被摧毁的。以色列军队取得制空权后，迅速发动地面进攻。以军采取各个击破的军事策略，首先兵分三路扑向埃及的西奈半岛，突破埃军防线，长驱直入。为了攻克拉法-阿里什战略要地，以军派出250-300辆坦克组成的装甲兵团，与埃及守军展开空前规模的坦克大战。经过一番激战，以军继续向前推进，进抵苏伊士运河，占领了埃及的西奈半岛和由埃及军队控制的巴勒斯坦加沙地区。

6月6日上午，以色列军队开始对约旦发动地面进攻，与约旦部队在耶路撒冷东西区分界线交战。6月5日晨，以色列总理曾通过联合国代表发给侯赛因国王一份电报称，以色列不会采取反对约旦的行动。约旦最高司令部对此将信将疑，一直犹豫观望，坐失战机。约旦军队在战场上节节败退，以军占领了耶路撒冷和约旦河西岸4800多平方公里的土地。

6月7日，安理会通过停火决议。7日和8日，约旦、埃及、叙利亚先后接受这项决议。8日，以色列宣布接受停火，但9日却对叙利亚发动突然袭击。以军集中十个旅的兵力，分三路向叙利亚发动进攻，重点进攻战略要津戈兰高地。叙军官兵进行了顽强抵抗，他们用手榴弹、机枪反击以军的进攻，许多战士跳出防御工事，与以军展开肉搏战。6月10日，以军占领了叙利亚库奈特拉省首府库奈特拉市，继而占领了整个戈兰高地，并控制了戈兰高地通往叙利亚首都大马士革的几条主要公路。

在“六·五战争”过程中，阿拉法特领导“法塔赫”所属的“暴风部队”在以色列占领区作战，他自己也经历了许多风险。战争爆发后，阿拉法特在亚尔穆克难民营前线指挥部指挥战斗。6月7日，他与“法塔赫”代理军事司令乘车前往戈兰高地作战前线侦察敌情，指挥法塔赫战士进入阵地，协同叙利亚军队进行战斗。法塔赫的战士们作战勇敢，在阵地上与以军展开激战。与此同时，他们还派出一些战斗小组，携带迫击炮等武器，到敌人后方作战。阿布·杰哈德说，以色列司令承认，以色列推迟了进攻时间，因为他们的部队遭到了来自背后的打击。在以色列军队腹背进行作战的正是巴勒斯坦“法塔赫”这些年轻的战士。阿拉法特为有这样的战士感到欣慰。