约翰逊很得体地嘱咐林肯夫人用充裕的时间迁出白宫。当天中午，他把林肯的内阁成员们召集到财政部开会。这批人各有各的神通，既有共和党人又有民主党人，只是因为都坚持对南方邦联的战争而聚在了一起。在林肯手下，他们就常闹意见。如今，曾经醉态之下训斥过他们的人成了新的总统，要来管他们了。国务卿西沃德倒是与约翰逊政见相投，但他正在疗伤。约翰逊最难对付的，就是为人傲慢而又言词尖刻的陆军部长埃德温·斯坦顿，他甚至骂过他很敬重的林肯，把林肯叫做“原始的大猩猩”，还说过林肯是“该死的笨蛋”。

约翰逊表示他一定要继续奉行已故总统的政策，请内阁成员们全部留任原职，指定一名临时代理国务卿。那个下午就有一些麻烦事要处理。要抓捕凶手。许多人埋怨斯坦顿不该不派人到剧院保护林肯，这时斯坦顿要求约翰逊让他负责此案的调查。约翰逊马上同意了。很快，斯坦顿就抓获了全部案犯，仅一人漏网。布思因拒捕而被击毙。按照斯坦顿的建议，约翰逊下令将案犯交付军事法庭严加审讯。总的看来，头一天的事还算顺利。

刺杀危机处理了，约翰逊着手日常政务。他任命了弗吉尼亚州的临时州长，宣布了对原邦联人员的大赦。但他只字未提一个棘手问题，即已获解放的奴隶是否该授以选举权。内阁成员在这一问题上意见分裂成两派，无法统一。约翰逊听取了双方的意见，未征求国会的意见，就自己拿主意，决定此事交各州自行处置。

约翰逊并不是伟人。他没能摆脱自己青少年时期受到的种族主义影响，又认为南方走上邪路只能责怪少数贵族式的庄园主。他体会不到南北之间怨恨之深，无法铸就一个新时代。正如林肯所说，约翰逊是一个好心人，但有局限。他生性固执，一心只想尽快让南方得到恢复，而听不进批评意见。

在初步行使行政权以后，约翰逊胆子大起来了。他迅速对南方各州发号施令，大手大脚动用他的赦免权。报纸不断报道成群的干过坏事的原邦联分子涌向白宫争取得到赦免。据报道，有一个名声不大好但很会做生意的寡妇为这些人充当经纪人，得到了约翰逊的合作。还有人说约翰逊对南方人宽大无边，甚至打算赦免当时在押的原南方邦联总统杰斐逊·戴维斯。

日复一日，约翰逊战时的英雄气概和反对国家分裂的勇气渐渐消失。原南方邦联分子曾视他为敌人，如今却视他为救星。而他的北方朋友们前两年迅速把他抬举上来，如今则同样迅速地对他疏远而去。

国会当时正处于暑期休会期。国会议员中的激进派一向主张严惩南方叛逆分子，这时见到约翰逊的举措，感到惊恐不安。早就对林肯提名约翰逊为副总统候选人感到不满的史蒂文斯这时向参议员查尔斯·萨姆纳抱怨说：“难道就没有办法阻止华盛顿的那位总统的胡作非为吗？”他断言约翰逊会在国会复会之前“加冕称王”。萨姆纳到白宫要求赋予已解放的奴隶以全部公民权。但约翰逊拒绝做任何让步，坚持说选举权问题向来是由各个州自行处置。更糟的是，这位总统还误以为萨姆纳的帽子是痰盂。激进派议员们感到约翰逊是不可理喻的了。国会秋季复会后，反约翰逊的一派争取让国会通过他们自己提出的南方重建计划，想以此挫败约翰逊的计划。

约翰逊决不愿意把处理南方重建问题的权力拱手让给国会。他先是否决了国会通过的要扩大已解放奴隶事务管理局的权限的法案，接着又否决了国会通过的要赋予南方黑人公民权的法案。在第一次，他的否决站住了，但在第二次较量中，两党绝大多数议员联合起来，推翻了总统的否决。只有四名共和党议员站在他一边。约翰逊惨败了。

这时，以斯坦顿为首的几名内阁成员开始公开表示不同意总统的主张。斯坦顿不执行总统的指示，试图另搞他自己的一套南方重建计划。他跟他在国会中的盟友秘密讨论如何遏制总统的权力。他的背叛行为还不止于此。1866年7月，在讨论路易斯安那州赋予黑人以公民权的新奥尔良代表大会的前夕，有一封紧急电报警告说当地复仇心切的邦联分子有暴乱的危险，斯坦顿竟然把这封电报扣留下来，不让总统知道。结果，约翰逊没有采取任何防范措施，暴乱造成40人死亡，140多人受伤。更糟的是，约翰逊还表示过怀疑新奥尔良代表大会的代表们的合法性，曾指示路易斯安那州司法部长阻止一切非法集会，这就在无意之中给暴乱分子打了气，人们指责约翰逊应对这一惨案负责。