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改革开放以来，伴随着经济体制改革和行政管理体制改革的深化，事业单位改革也在不断推进，已经在部分行业和某些地方取得了重要进展。党的十一届三中全会至今，我国事业单位改革大体经历了四个阶段：
第一阶段：1978年党的十一届三中全会到1992年党的十四大。这一阶段主要是拨乱反正，恢复社会事业，适当下放各类事业单位的管理权，大多数事业单位实行行政首长负责制，行政首长对本单位有经营管理权、机构设置权、用人自主权和分配决定权。
1985年3月，中央下发了《关于科学技术体制改革的决定》，科技体制改革全面展开。
1985年4月，国务院批转了卫生部《关于卫生工作改革若干政策问题的报告》，对卫生事业单位改革提出了要求。
1985年5月，中央又下发了《关于教育体制改革的决定》，决定对教育事业单位进行改革：有步骤地实行九年制义务教育，基础教育由地方负责、分级管理；调整中等教育结构，大力发展职业技术教育；改革高等学校的招生计划和毕业生分配制度，扩大高等学校办学自主权。
1985年，中办、国办又转发了文化部《关于艺术表演团体改革的意见》，对文化事业单位改革作出了部署。
在上述文件的指导下，从1985年开始，我国事业单位改革在科研、卫生、教育、文艺等领域陆续展开。
第二阶段：1992年党的十四大到2002年党的十六大。1993年，党中央印发《关于党政机构改革的方案》和《关于党政机构改革方案的实施意见》。意见明确提出事业单位改革的方向是实行政事分开，推进事业单位的社会化。
1996年，中办、国办印发了《中央机构编制委员会关于事业单位改革若干问题的意见》。这是党和国家就事业单位改革下发的第一个专门文件。文件提出了事业单位改革的指导思想和目标，以及事业单位改革的具体措施。
1998年7月，国务院印发了《关于调整撤并部门所属学校管理体制的决定》，国办转发了教育部等部门《关于调整撤并部门所属学校管理体制的实施意见》。
1998年12月，国办转发了国务院机关事务管理局、中央编办《关于深化国务院各部门机关后勤体制改革意见》。
1999年2月，国务院转发了科技部、中央编办等5部门《关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构管理体制改革的意见》。1999年4月，国办转发了国土资源部、中央编办、体改办《地质勘查队伍管理体制改革方案》。
1999年8月，中办、国办下发了《关于调整中央国家机关和省、自治区、直辖市厅局报刊结构的通知》。
1999年8月和2000年5月，国办分别下发了《关于清理整顿经济鉴证类社会中介机构的通知》
、《关于经济鉴证类社会中介机构与政府部门实行脱钩改制意见的通知》。
2000年2月，国办转发了教育部等部门《关于调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构实施的意见》。
2001年8月，中办、国办转发了中宣部、国家广电总局、新闻出版总署《关于深化新闻出版广播影视业改革的若干意见》。
所有这些文件，对各类事业单位的改革都提出了具体政策，事业单位改革分领域不断推进。
第三阶段：2002年党的十六大至2007年党的十七大。十六届三中全会提出“继续推进事业单位改革”；四中、五中全会进一步提出“加快推进事业单位分类改革”。
2003年7月开始，在党中央、国务院的领导下，在中央文化体制改革试点工作领导小组的具体指导下，在全国9个地区和35个单位进行了文化体制改革试点。
2005年底，党中央、国务院下发了《关于深化文化体制改革的若干意见》，文化事业单位改革全面推进。
在从2003年开始的农村配套改革的乡镇机构改革中，把乡镇事业单位改革作为一个重要方面，结合乡镇行政机构一并进行改革。
第四阶段：2007年党的十七大至今。
十七届二中全会通过的《关于深化行政管理体制改革的意见》对深化事业单位改革提出了具体要求，明确“按照政事分开、事企分开和管办分离的原则，对现有事业单位分三类进行改革。
2008年国务院决定在山西、上海、浙江、广东、重庆进行事业单位改革试点。
2008年10月国办印发了《关于文化体制改革中经营性文化事业单位转制为企业和支持文化企业发展两个规定的通知》，明确了改革的配套政策措施。到2008年底，全国333个地级市中，开展文化事业单位改革的已达117个。
2009年，对出版社进行改革，全国出版社除保留4家外，全部转企改制为企业；杂志社的转企改制工作也逐步展开。多年来，卫生事业单位改革一直没有停止。
2009年4月党中央、国务院下发了《关于深化医药卫生体制改革的意见》，提出医药卫生体制改革坚持公共医疗卫生的公益性质，实行政事分开、管办分开、医药分开、营利性和非营利性分开，以建立健全覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度。
2010年2月，卫生部、中央编办、发改委、财政部、人力资源和社会保障部联合下发了《关于印发公立医院改革试点指导意见的通知》，决定在各省、区、市已经分别选择1－2个城市（城区）进行公立医院改革试点的同时，国家选16个有代表性的城市进行公立医院改革试点。
2011年11月，国务院公布《事业单位人事管理条例(征求意见稿)》，征求意见稿规定，国家建立事业单位工作人员工资的正常增长机制；工作人员的工资水平应当与国民经济发展相协调、与社会进步相适应。
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