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他是江苏省风湿病学会主任委员、江苏省免疫学会常务理事,曾先后到意大利、日本、英国和澳大利亚留学。他1993年担任科室工作以来,把全部精力都放在学科建设上,将一个名不见经传的科室带到全国排名前四的好成绩,成为省内规模最大、人才梯队最强、硬软件最好、新技术最多,发表论文、专著最多的风湿免疫科。与此同时,他刻苦钻研自身业务技术,在意大利进修期间就完成了我国第一部38万字《分子风湿病学》的专著。红斑狼疮干细胞的研究和应用在国内领先,异基因骨髓间质干细胞移植治疗自身免疫病在世界同行界领先。先后在国际著名学术刊物上发表论文200余篇,主编专著《分子风湿病学》、《风湿病临床药理学》2部,参编14部。承担国家和省市科研课题资助共25项。
他不仅医术精湛,医德更令人景仰。“为人厚道,一切为病人着想”、“不仅医术高明,做人更正派”……这都是病人对孙凌云的评价。孙凌云从医28年生涯,从来没遇到过一例病人投诉他。随着他的知名度扩大,这些年来找他看病的人,全国各地都有。当遇到病人没钱买药或没钱吃饭时,他就会主动给病人垫钱,解决燃眉之急。多年来,他究竟帮助了多少病人,自己都说不清楚,真正体现了一名济世良医的风采。