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年逾八旬的吴孟超生命不息，手术不止。
有不少人问过吴老：“这么大年纪，您还要手术？还能手术？”吴孟超总是笑着回答：“叫我不动手术不行，这是职业习惯。我的身体还好，只要能拿动手术刀，我就会站在手术台上，那也许就是我最大的幸福。但是，如果我不能保证完成手术的话，也绝不会再上手术台。因为，我不能拿病人的生命逞强。”
由于年事已高，同时也是为了培养更多的高科技人才，吴孟超近年来在科研方面主要从事领导和组织的工作，具体项目则放手让年轻人去做。为了科学发展，为了鼓励和表彰年轻的科研人员多出成果，经总后勤部批准，吴孟超将个人积蓄30万元和社会各界捐赠的400万元，于1996年设立了“吴孟超肝胆外科学医学基金”。这是我国首个在肝脏外科领域的专项基金，用于奖励对肝脏外科作出显著贡献的优秀人才，每两年评选一次。截至2005年，基金已发展为“上海市吴孟超医学科技基金会”，基金总额达到了1000万元，有力地推动了我国肝脏外科的继续发展，进一步调动起了年轻科研人员献身科学的积极性。
对此吴孟超是这样说的：“这些奖金是发给我的，但属于自己的钱也有个怎么花的问题，我作为一名党员，想把它利用在发展祖国的医学科学事业上。”他没有把这些钱用做个人享受，也没有留给家人，小外孙长这么大了，他只给过小外孙一次压岁钱。
吴孟超1991年当选为中科院临床医学院士，从而进入我国最优秀的科学家队伍的行列。此外，他还兼任解放军总后勤部专家组副组长、总后勤部医学科学技术委员会副主任、总后勤部科学技术进步奖评定委员会成员、中华医学会副会长、中华医学会外科学副主任委员、中华癌症研究基金会副主席、全军肿瘤专业组组长、上海肿瘤学会顾问、国际外科学会会员、中德医学协会副理事长兼上海分会理事长、中日消化道外科学会中方主席、国务院学位委员会医学学科评议组成员、国家自然科学基金会生命科学部咨询成员，他是党的十四大代表，上海市第八、九、十届人大代表，全国侨联委员，上海市红十字会副会长，并担任黄家驷外科学（第六版）副主编，以及中华医学杂志（英文班）、中华外科学杂志、中华器官移植杂志、解放军医学杂志、上海医学杂志、上海第二军医大学学报等20余种杂志的主编、副主编及编委。
夫人是最了解吴孟超的，她知道对吴孟超来说工作和事业永远没有休止符，这个目标完成了，一定还会有下一个，再下一个！
吴佩煜只好对他说：“工作还要继续做，不过也要注意身体。”
女儿劝他：“爸爸，（工作）悠着点！”
吴孟超笑了笑，略坐片刻，起身又回到医院了。
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