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朱光亚同志于1980年当选为中国科学院学部委员(院士),1994年被选聘为首批中国工程院院士。1994年至1998年,他担任中国工程院第一任院长、党组书记,领导建立了一整套行之有效的工作方法和程序,为中国工程院的初创和发展做了大量奠基性和开拓性的工作。他团结带领中国工程院全体院士,在社会主义现代化建设中发挥咨询、建议的职能,为我国工程科学技术事业的持续快速健康发展殚精竭虑,贡献了聪明才智。
1994年3月至2003年3月,朱光亚同志担任中国人民政治协商会议第八届、九届全国委员会副主席。他坚决贯彻中共中央关于统一战线和人民政协的方针政策,积极促进人民政协各党派团体和各族各界人士的团结合作。在团结广大科技工作者进行政治协商、民主监督和参政议政方面发挥了重要作用,为巩固和加强中国共产党领导的多党合作和政治协商制度作出了积极贡献。他大力呼吁社会主义法制建设要进一步尊重科学,为科技工作者宣传科学、普及科学知识提供法律保障,使尊重劳动、尊重知识、尊重人才、尊重创造的社会风气进一步得到弘扬。
朱光亚同志是中国共产党第九届、十届中央候补委员,第十一届、十二届、十三届、十四届中央委员,第三届、四届、五届全国人民代表大会代表。他是中国核学会第一届、二届理事会副理事长,第三届、四届名誉理事长。他还先后担任国务院学位委员会副主任,国家自然科学基金委员会委员、国家自然科学基金委员会杰出青年基金评选委员会主任。获1985年度国家科技进步奖特等奖。1999年9月被中共中央、国务院、中央军委授予“两弹一星功勋奖章”。