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据外媒报道,有科学家称,他们组合了一条更完整的基因链条,这个基因链条可以控制鹦鹉模仿主人和其他声音的能力。
研究者用一种新技术分解了鹦鹉的基因组中的某个区域,进行了单分子测序,并用来自较早的DNA解码设备的数据对其进行了纠错。研究者还解码了来自玉米和细菌的难以测序的基因物质,以此来证明他们新的排序方法。
单分子测序“在去年获得了大量宣传”,因为它产生了测序长读取,“使组装基因组中的复杂部分变得更容易,”研究参与者之一,Duke大学的神经生物学家Erich Jarvis说。
Jarvis对那些控制鹦鹉模仿能力的序列很感兴趣,因为它们能帮助神经科学家了解控制人类语言发展的那些基因区域。
Jarvis首先尝试用第二代测序技术把基因区域拼凑在一起,这种测序技术可以一次性读取100到400个碱基对,然后用几天的时间把它们组合成一个基因组序列草图。在进行测序的时候,科学家发现读取的长度不足以组装某些基因的调控序列,这些基因控制着大脑中负责语言学习的回路。
马里兰大学的计算生物学家Adam Phillippy和Sergey Koren都是基因组组装方面的专家,他们在一次会议上听到了Jarvis关于测序的建议,并提出了一种可能的解决方法,调整处理DNA碱基对的算法。但是这样的改进似乎仍然不够。
去年,Roch454已经可以读取1000对碱基对,太平洋生物科学公司(Pacbio)的单分子测序仪器也做到了这一点。该公司可以一次性生成2250到23000个碱基对,在一天左右的时间里制作出完整的基因组草图。