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最近发布的《长江保护与发展报告2011》显示，近30年来长江流域消失面积在1平方公里以上的湖泊96个。来自我国第二次湖泊调查的最新数据显示，近50年来，我国消失的面积大于1平方公里的湖泊多达243个。
此次调查在科技部国家基础性工作专项支持下，由中科院南京地理与湖泊研究所牵头实施。这也是我国首次设立以掌握我国主要湖泊现状、完善中国湖泊数据库为目的的重大项目。
调查以2005年和2006年为基准年，进行湖泊数量、面积和分布现状的遥感调查，并开展了面积大于10平方公里主要淡水湖泊的水量、水质和生物资源系统调查。“北方和西北干旱区湖泊水位下降和咸化碱化萎缩现象严重、青藏高原湖区湖泊水量与湖面波动剧烈、云贵高原湖泊生物多样性下降和水质降低明显、东部平原湖泊调蓄能力下降和水体富营养化问题突出。”中科院南京地理与湖泊研究所所长杨桂山如此评价我国湖泊总体变化态势。
湖泊的变化给生物多样性也带来了重大影响。最具代表性的是，长江流域多数湖泊土著鱼类受外来物种入侵、江湖阻隔和过捕滥捞等因素影响而濒危。据《科技日报》
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