尽管它性能与战绩都十分优异，但是很快人们发现主要的问题在于其射速太低。战争初期，面对波兰及其他欧洲国家微弱的抵抗，毛瑟步枪的射速已经足以应付。加之战术使用得当，更是显得绰绰有余。即使面对苏联军队，由于当时苏军使用的莫辛纳甘步枪也是手动发射，毛瑟步枪也是不吃亏。但是战局在发展，同盟国凭借其强大的经济与技术势力不断更新军事装备。苏军很快将SVT40半自动步枪投入使用。德军往往在火力上吃了亏。面对美军时同样面临相同的问题。M1伽兰得步枪的射速让德国人吃到了与日本人相同的苦头。另外一个问题出现在狙击战中。在与苏军进行的狙击战中，使用毛瑟式步枪的德军士兵在射击完成后必须手动上弹，拉动枪栓发出的声音在寂静的林中格外清晰，苏军士兵很容易就能确定德军士兵的位置，从而给他们致命的打击。而苏军使用SVT的狙击型，不用手动上弹。这样德军就吃了大亏。

    德国人开始寻求一种能够提供更强大火力，同时更经济的步枪来取代毛瑟98k。毛瑟公司与沃尔特公司同时推出了G41型半自动步枪，但毛瑟公司的产品在竞争中失利，从此德国军队再也没有采用毛瑟公司的产品作为军队的标准装备。沃尔特公司后来继续推出G43型半自动步枪，以取代毛瑟98k成为军队的标准装备。 战争末期，一种名为Stg44（又叫Mp44）的自动步枪也出现在战场上。 由于它们的出现，德军在火力上有了很大的提高。但是，毛瑟步枪命不该绝。由于战争已经接近尾声，德国已经面临物资的缺乏。同时由于孟军的轰炸导致许多兵工厂丧失了生产能力，使得上述武器的生产一直没能跟上军队的需求。就这样，毛瑟步枪一直处于生产状态，直到二战的结束为它的表演划上一个句号。

由于毛瑟式枪机的设计极为经典，它对后来的旋转后拉式枪机的设计产生了巨大的影响，几乎成为衡量任意一种旋转后拉枪机的公认标准。有许多其他国家都生产过毛瑟步枪的仿制品，例如捷克，还有我国著名的“中正式”。 而许多其他步枪的设计也都参考了毛瑟98式。例如美国的M1903式以及英国李恩菲尔德步枪。

    100年后的今天，毛瑟98型枪机基本结构仍保留在产品中，即便是毛瑟步枪本身，在战后的很长时间内都在被使用，甚至时至今日，在一些非洲战乱的国家，我们还能看到它那老而弥坚的身影。不管是在战争年代还是在更长的和平时期，20世纪没有看到其他任一种武器比它有更广泛的用途。应该说，毛瑟98式/98Ｋ式步枪是手动步枪发展的一个极至，大多数现代手动步枪都是以毛瑟步枪为蓝本，但已经没有改进的余地。它真正称得上世界枪械史上的“一代宗师”。

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