历史上的琉球王国是一个独立的国家，明初即接受明朝皇帝册封，是明清时期中国的藩属国。明洪武五年（1372），明朝派出册封使到琉球，此后历代册封使不绝于途。

1609年琉球王国遭到日本侵略，1693年，萨摩藩逼迫割让北部的奄美群岛给予日本，从此日本展开了逐步吞并琉球国的计划。

1872年日本利用琉球漂流民在台湾南部被所在地居民杀害一事，向清政府问罪。口实有二：琉球民是日本属民，台湾南部"番地"是无主地。1874年日本蛮悍地派兵侵入台南，引起中日之间严重交涉，而征伐台湾与侵略琉球是同时进行的。

1874年2月日本政府通过的《台湾番地处分要略》提出，阻止琉球向清政府进贡"可列为征伐台湾以后之任务"。1875年，日本天皇强令琉球断绝与清朝的册封关系。

1877年底，清政府驻日公使何如璋在东京考察了琉球问题后指出："阻贡不已，必灭琉球；琉球既灭，行及朝鲜。" 1878年10月，何如璋向日本外务省发出照会，谴责日本阻止琉球向清朝朝贡为"背邻交，欺弱国"，是"不信不义无情无理"。

1879年，日本政府以武力派往不设军队的琉球，将琉球国王强行解到东京，吞并琉球王国，将它改名为冲绳县。这在日本历史上美其名曰"琉球处分"。日本此举立即引起了清政府的抗议。中日之间由此展开了琉球交涉，日本提出了"分岛改约"方案，清政府提出了三分琉球的方案。

1880年，清政府正在处理在伊犁问题上与俄国发生的纠纷，准备对日退让，便与日本议定了分岛改约方案。中方随后认识到分岛改约方案无助于琉球复国，改约徒使中国丧失权利，分岛改约方案未及签字。

1882年-1883年间，中日就此问题的谈判仍在进行。在讨论重新签订中日《修好条规》时，清政府再提琉球问题，日本外相表示把修改贸易条款与琉球问题分开，清政府谈判代表反对。问题一直拖下来。

1887年，总理衙门大臣曾纪泽向日本驻华公使盐田三郎提出，琉球问题尚未了结。但日本已经把琉球据为己有，对清政府的态度就不管不顾了。琉球处分问题在中日之间成为一个悬案。

1945年二次大战后期，美国进攻并占领了琉球本岛。根据联合国安理会1947年通过的第318号决议， 1945年至1971年，冲绳被美国占领并托管，而非日本主权管辖下的领土，可见，美国对琉球托管之合法性最终来源于联合国。

1951年，日本同美国签订了片面的《旧金山和约》，将钓鱼诸岛连同日本冲绳交由美国"托管"。中国政府早在《旧金山和约》签订之时就声明，所谓"旧金山和约"是没有中华人民共和国参加的对日单独和约，不仅不是全面和约，也完全不是真正的和约。

1971年日美签署"归还冲绳协定"，把琉球连同钓鱼台的"施政权"转给日本，琉球"归还"日本根本未经安理会讨论，而是美日之间私相授受。根据《联合国宪章》第83条第一款规定，美国无权自行决定将托管地区擅自给予任何一方，这种决定必须由安理会作出。

2013年5月8日《人民日报》发表文章，提到，"历史上悬而未决的琉球问题也到了可以再议的时候。"日本方面对此反应强烈，不仅"抗议"中方，安倍首相还要"向世界说明日本的立场"，以此"否定中国的不正当主张"。美国国务院表态"美国承认日本拥有冲绳主权"。

2013年5月15日， "琉球民族独立综合研究学会"宣告成立。该学会将寻求冲绳独立并建立"琉球自治联邦共和国"，在研究他国独立经验的同时，将寻找机会向联合国直接陈述冲绳独立的意愿。